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Begleitet wird die Hauptbehandlungsphase von einer pharmakologischen Therapie, die nach dem Konzept der „Full Mouth Desinfection“ (FMD) die Neuinfektion der behandelten Zahnfleischtaschen, aber auch der gesamten Mundhöhle (d.h. der Zungenoberfläche, Wangenschleimhaut, aller Schlupfwinkel bzw. Nischen im Nachbarbereich der Zähne, dem weichen Gaumen mit den Gaumenmandeln und anderer Bereiche) verhindern soll. Da sich auch in diesen Regionen nachgewiesenermaßen parodontale Erreger "verstecken" und von dort aus zuvor behandelte Zahnfleischtaschen neu infizieren können, sollen diese Infektionsquellen damit zusätzlich bekämpft werden.
Phase 3: Nachbehandlung - Erhaltungsphase
Mit der anschließenden "Home Care" (häuslichen Pflege) wird der Patient in den ersten zwei Monaten nach der Behandlung angehalten, mit antimikrobiellen Mitteln in Form von Spüllösungen, Spray und/oder Gelen die Vermeidung einer Neuinfektion zu unterstützen.
Die Wahl der entsprechenden Mittel sowie die Art und Dauer der Anwendung ist je nach Erkrankung individuell festzulegen. Nach zwei Monaten erfolgt eine erneute professionelle Zahnreinigung (PZR), bei der auch die Intervalle für die künftigen PZR-Termine festgelegt werden, damit das erreichte Behandlungsergebnis lange aufrechterhalten und damit das Fortschreiten der Erkrankung möglichst verhindert werden kann.